|
|
Программа для визуализации RasMol. Организация экрана. Формат данных. Ввод, вывод данных.Программа RasMol, разработанная на кафедре биомолекулярных структур Эдинбургского университета (Великобритания). Позволяет получать не только двумерное изображение на экране компьютера, но также трехмерные изображения в специальных камерах. Первая версия программы RasMol была создана Роджером Сэйлом в 1992 году. Начиная с версий серии 2.7, RasMolраспространяется по двойной лицензии (GPL или RASLIC). Тем самым, Программа RasMol считывает с определенным образом записанного файла координаты атомов и создает их графическое изображение. Программа функционирует в режиме двух окон - графического и текстового (рис.1). В графическом окне происходит визуализация структур макромолекул, в текстовое окно вводится управляющая информация, которая позволяет изменять масштаб рисунка, цвет, представление молекул, выделять группы атомов, остатков, белковых цепей. Управляющие данные вводятся в виде текстовых команд, описание которых приведено на странице помощи. Графическое окно по умолчанию имеет черный фон. Кроме этого, основное окошко имеет две полосы прокрутки, которые используются для поворота изображения вокруг вертикальной и горизонтальной осей. Команды могут быть введены с клавиатуры в текстовом окне, даже если активным является графическое окно. Это позволяет вводить команды и менять изображения без переключения окон. Для чтения координатного файла можно пользоваться командой «Open» меню «File» («Открыть» меню «Файл»). Можно также открыть PDB файл двойным нажатием на него, если в системе указан путь на исполняемый файл.
Программа для визуализации RasMol. Формат команд. Команды: цвет фона, представления двух сортов атомов, размеры атомов. Программа RasMol, разработанная на кафедре биомолекулярных структур Эдинбургского университета (Великобритания). Позволяет получать не только двумерное изображение на экране компьютера, но также трехмерные изображения в специальных камерах. Первая версия программы RasMol была создана Роджером Сэйлом в 1992 году. Начиная с версий серии 2.7, RasMolраспространяется по двойной лицензии (GPL или RASLIC). Тем самым, С помощью меню «Display» («Вид») можно выбрать форму представления изображения (рис.2). Наиболее используемыми при визуализации кристаллов являются команды «Spacefill» («Ван-дер-Ваальсов радиус») и «Ball & Stick» («Атомы и связи»). Первая команда заполняет атомами все пространство, занимаемое системой, без пустот. При использовании второй команды атомы представляются в виде сфер небольшого диаметра, с пустым пространством между ними. При этом если расстояние между двумя атомами меньше некоторого значения, между ними рисуется связь в виде прямолинейного отрезка. Использование команд. С помощью команд RasMol, вводимых в командном окне, можно выполнить значительно большее количество манипуляций изображением, чем с использованием меню графического окна и мыши. Команды вводятся с клавиатуры так же, как команды DOS. При этом RasMol сохраняет предыдущие команды. Команда Ctrl+P вызывает из памяти предыдущую команду, а Ctrl+N – следующую. Эти команды позволяют выбрать формат представления изображения и записывать его в файл. Размеры и расстояния в RasMol могут быть заданы в ангстремах или единицах RasMol. Если значение какой-либо величины содержит десятичную точку, то оно считается заданным в ангстремах. Например, координаты, введенные в PDB файле с использованием десятичной точки, имеют автоматически размерность ангстрема. Единица RasMol составляет 1/250-ю часть ангстрема. Любая величина, заданная в виде целых числе, воспринимается в этих единицах. Например, команда «spacefill 300» задает сферы радиусом 300 единиц RasMol, то есть 1,2 Å. Команды программы RasMol: «Backbone Background Bond Cartoon Centre Clipboard Colour Connect CPK CPKnew Define Depth Dots Echo English Exit French HBonds Help Italian Label Load Molecule Monitor Pause Print Quit Refresh Renumber Reset Restrict Ribbons Rotate Save Script Select Set Show Slab Source Spacefill Spanish SSBonds Star Stereo Strands Structure Surface Trace Translate UnBond Wireframe Write Zap Zoom». Команды: Background Формат: background <colour> (здесь и далее в угловые скобки заключаются выражения или слова, набираемые по выбору пользователя). Задает цвет фона в графическом окне. Colour Формат: ‘colour <colour>’. Команда позволяет выбирать цвет представления выбранного типа атомов (о команде выбора атомов одного сорта ‘select’ см. ниже). Цвета атомов выбираются так же, как для фона. Rotate Команда ‘rotate <axis> <value>’ позволяет поворачивать изображение вокруг выбранной оси на выбранный угол. Параметр <axis> может иметь значения ‘x’, ‘y’ и ‘z’. Параметр <value> имеет целочисленное значение, равное углу поворота в градусах. Select Формат: ‘select <expression>’. Позволяет выбирать определенные атомы в системе. Дальнейшие команды, определяющие, например, цвет, действуют только на выбранные атомы. Выражение <expression> может представлять, например, название элемента, атомы которого выбираются (Al, Cu и т.д.). Иногда типы атомов в PDB файле определяются цифрами; тогда в <expression> используется соответствующая цифра. Примеры: ‘select Al’, ‘select 1’. Spacefill Формат: ‘spacefill <expression>’. Эта команда представляет выбранные атомы в виде сплошных сфер с размером, определяемым выражением <expression>. Если значение в этом выражении задано целым числом, единицей измерения является единица RasMol, равная 1/250-й части ангстрема. Если число задано с десятичной точкой, размер определяется в ангстремах. Размер атома не должен превышать 500 единиц (2.0 Å); при превышении этого значения программа выдает ошибку "Parameter value too large" (значение параметра слишком велико) в командной строке Zoom Формат: ‘zoom <value>’. Изменяет увеличение изображения. Максимальное значение 1562. Использование команд ‘zoom on’ и ‘zoom off’ позволяет устанавливать и отменять фиксированное увеличение. Write Формат: ‘write {<format>} <filename>. Записывает изображение в одном из стандартных графических форматов, заданных выражением <format>, в файл с названием <filename>. Поддерживаются многие распространенные графические форматы, как BMP, GIF, PS, EPSF, VECTPS (векторный пост-скрипт) и др.
  ЧТО ТАКОЕ УВЕРЕННОЕ ПОВЕДЕНИЕ В МЕЖЛИЧНОСТНЫХ ОТНОШЕНИЯХ? Исторически существует три основных модели различий, существующих между...  ЧТО ПРОИСХОДИТ ВО ВЗРОСЛОЙ ЖИЗНИ? Если вы все еще «неправильно» связаны с матерью, вы избегаете отделения и независимого взрослого существования...  Живите по правилу: МАЛО ЛИ ЧТО НА СВЕТЕ СУЩЕСТВУЕТ? Я неслучайно подчеркиваю, что место в голове ограничено, а информации вокруг много, и что ваше право...  Что делать, если нет взаимности? А теперь спустимся с небес на землю. Приземлились? Продолжаем разговор... Не нашли то, что искали? Воспользуйтесь поиском гугл на сайте:
|
